Les collections du MusAfrica présentent une très grande variété. Leur intérêt porte autant sur le plan historique qu’ethnographique, artistique, biologique, etc. Après le Musée d’Afrique Centrale de Tervuren, MusAfrica abrite ainsi l’une des plus grandes collections d’objets reliés à l’Afrique et au passé colonial ouverte au public en Belgique.
La collection d’objets, constituée d’un peu plus de 8500 unités, provient exclusivement de dons. Certains pièces sont issues des domaines cultuels traditionnels, d’autres ont été produites directement à l’attention des voyageurs, coloniaux ou touristes. Ces objets présentent un intérêt patrimonial élevé parce qu’ils permettent de comprendre comment les cultures d’Afrique Centrale ont été comprises et/ou appréciées à l’époque coloniale et postcoloniale.
À côté de la collection d’objets, MusAfrica possède également une très riche bibliothèque (environ 25 000 ouvrages), dont une bonne partie des ouvrages provient de la Société d’Études Coloniales et datent essentiellement de la fin du XIXe siècle et de la première moitié du XXe siècle. Ils constituent une source précieuse pour qui s’intéresse au phénomène et au passé colonial belge. De nombreuses acquisitions d’ouvrages récents, toutes orientations confondues, permettent d’alimenter la bibliothèque dans les domaines scientifique et littéraire.
Les sources iconographiques (cartes géographiques, cartes postales, albums photos, films anciens…) constituent une autre richesse du MusAfrica, avec plus de 15 000 unités. Extraites d’organes officiels ou de fonds d’archives personnels, ces sources se révèlent très précieuses pour les chercheurs.
Enfin, MusAfrica possède des archives très variées, dont des fonds personnels uniques.