Le Musée Africain de Namur a connu au cours de son histoire de nombreuses péripéties. S’il a dû déménager à plusieurs reprises, il a toutefois réussi à grandir et à se développer pour devenir celui qu’il est aujourd’hui. La ténacité et le dynamisme de ses bénévoles expliquent sa richesse et son caractère exceptionnel en Belgique.
Le Musée africain de Namur voit le jour en 1912, à l’initiative de la Société d’Études et d’Intérêts Coloniaux, elle-même fondée deux ans plus tôt. L’installation a lieu dans la Bourse aux Grains, à proximité de l’Hôtel de Ville de l’époque. Les bombardements allemands de la ville en 1914 détruisent totalement cette première forme du Musée.

Un deuxième Musée est installé dans les combles de l’Athénée royal en 1925, sous la dénomination de Musée Colonial Scolaire. En 1934, le Musée déménage à nouveau, pour s’installer dans un bâtiment situé au Grognon ; il prend le nom de Musée National d’Art Africain. En 1944, il est détruit et pillé en grande partie.


Le Musée renaît en 1951 à Jambes sous le nom de Musée Colonial Scolaire de Jambes. En 1977, un incendie ravage le bâtiment occupé et oblige à nouveau à un déménagement. En 1985, le Musée s’installe enfin dans l’ancien corps de garde des casernes Léopold. C’est le bâtiment toujours occupé.
- Construit en 1885 sous les ordres de Léopold II, la caserne militaire conserve aujourd’hui uniquement son corps de garde, où est installé MusAfrica.
En 2004, le Musée africain de Namur se distingue du Cercle Royal Namurois des Anciens d’Afrique pour accomplir pleinement les fonctions muséales telles que définies par le décret du 17 juillet 2002 de la Fédération Wallonie-Bruxelles.
À partir de 2012, une nouvelle dynamique permet au Musée d’évoluer ; une procédure de mise en conformité est réalisée en 2014 et 2015 afin de faire reconnaître le Musée par la Fédération Wallonie-Bruxelles (catégorie C). Désormais conçu comme lieu de mémoire, de débats, de création, de formation, de recherche, de sensibilisation et de lien social, il entend valoriser les liens qui ont rapproché et rapprochent les Belges et les Africains.