Par la nature de ses collections et du fait de sa propre histoire, le Musée apparaît aujourd’hui comme un conservatoire de documents liés au passé colonial. Si le Musée entend bien préserver ce rôle de témoin historique, il veut aussi élargir son domaine d’action en ancrant son action dans le présent. L’objectif est de conduire les visiteurs à s’interroger sur des phénomènes complexes tels que la colonisation, la rencontre avec l’Autre, les rapports interculturels, etc.
Pour ce faire, il a défini sept missions.
En tant que lieu de mémoire, le Musée veut palier au grave déficit de connaissances et de débats relatifs au passé colonial, pour que le public le plus large possible, belge comme congolais, s’approprie cette histoire qui est, de près ou de loin, la sienne. Ce faisant, le Musée entend contribuer au nécessaire devoir de mémoire qui doit être réalisé aujourd’hui sur ce passé controversé.
Le Musée assume son rôle de lieu de débats, puisqu’il s’entend comme un Musée-forum, où échanges de points de vue et débats permettent de révéler des réalités complexes mais nécessaires à la compréhension de ce que sont l’Afrique et la Belgique d’aujourd’hui.
La variété des collections du Musée permet de considérer toutes les formes d’expression artistique de l’Afrique centrale, et d’encourager par-là la création actuelle. Ainsi le Musée veut être un lieu de création où toutes les expressions et formes artistiques contemporaines peuvent trouver place.
Le Musée se révèle être un excellent terrain d’expérience pour des étudiants investis dans des sciences et des disciplines telles que l’histoire, l’archéologie, l’ethnographie/anthropologie, la muséologie, la muséographie, le tourisme, etc. Il joue donc aussi le rôle de lieu de formation.
Grâce à la richesse de ses collections, le Musée constitue un lieu de recherche particulièrement fructueux pour les scientifiques qui s’intéressent à l’Afrique, et en particulier à l’histoire coloniale. La qualité de la bibliothèque est à ce niveau l’un de ses principaux atouts.
Les rapports Belgique-Afrique sont généralement fondés sur de nombreuses idées reçues et des stéréotypes. Le Musée veut être un lieu de sensibilisation aux réalités diverses qui caractérisent ces rapports, afin de promouvoir une vision plus précise de ce qu’est, entre autres, l’Afrique d’aujourd’hui.
Enfin, en tant que structure associative qui fonctionne essentiellement avec des bénévoles, le Musée Africain de Namur constitue un lieu favorisant le contact social. La mise en place d’un cadre de travail agréable et intergénérationnel, fondé sur la coopération entre les employés et bénévoles d’âges, d’origines et de formations variés, est une mission en soi du Musée.